Historique
La première ébauche de la Biobanque de tissus respiratoires équins (BTRE) a été réalisée en 2006 dans le Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire Respiratoire de l’Université de Montréal (Dr Lavoie) grâce à une collaboration fructueuse avec le Laboratoire de Télématique Biomédicale du RSR (LTB) (Dr Rousseau) et la Biobanque du RSRQ (Dr Laviolette). L’objectif était de développer une méthode efficace de classement et d’archivage des résultats physiologiques des échantillons biologiques collectés sur des chevaux malades bien caractérisés et des chevaux sains. Ce système est devenu essentiel pour optimiser les capacités de partage des échantillons de tissus entre les laboratoires éloignés.
Provenance des tissus
L’objectif principal de la Biobanque BTRE est de simplifier l’accès aux tissus provenant de chevaux atteints de deux maladies respiratoires chroniques et non infectieuses, le souffle et l’IAD. Pour réaliser cet objectif, la banque permet d’archiver des tissus de chevaux atteints de ces deux conditions ainsi qu’à des tissus de chevaux contrôle, sans maladies respiratoires et d’âge semblable. Les prélèvements équins sont obtenus dans le cadre de projets de recherche standardisés ayant reçu une accréditation pour l’utilisation des animaux. Les prélèvements sont tout d’abord utilisés pour effectuer les analyses requises pour le projet. Il arrive cependant que pour certains individus des surplus soient conservés. La Biobanque BTRE permet alors la mise en place de projets standardisés effectués à partir des surplus des centres participants.
Les autres prélèvements sont recueillis lors de procédures diagnostiques ou d’euthanasies de chevaux de clients avec l’accord des propriétaires. Cette dernière situation permet d’enrichir la Biobanque, sans le recours d’une expérimentation animale.
Procédés et conservation
L’uniformité dans la récolte et la conservation des échantillons est essentielle pour l’obtention de résultats valables lors d’études utilisant des échantillons provenant de plusieurs centres de recherche. La Biobanque BTRE propose la mise en place de protocoles standardisés pour s’assurer de l’uniformité des manipulations, de la ferme à l’entreposage, assurant ainsi la qualité des divers échantillons. Malgré ces protocoles, certaines étapes peuvent différer selon les besoins spécifiques des groupes de recherche. La Biobanque permet d’archiver les informations nécessaires pour bien caractériser chaque prélèvement en fonction de sa nature; aliquot, extrait, lame, culot ou pièce.
Extraits
Les extraits sont regroupés en trois sous catégories, les extraits d’ARN, d’ADN et de protéines. Les extraits d’ARN sont caractérisés par la description de la technique d’extraction utilisée, le ratio 260/280 et le RIN. L’utilisation d’inhibiteurs de protéases et de phosphatases est clairement indiquée dans la Biobanque pour les extraits protéiques. De plus, les stimulants utilisés sont indiqués pour tous les extraits provenant d’isolations cellulaires.
Lames
Les lames permettent de conserver des cellules de différentes provenances (prise de sang, lavage bronchoalvéolaire ou trachéal) pour des expériences futures. La fixation ou la coloration utilisée est généralement choisie en fonction des manipulations et analyses ultérieures. Il est donc important de bien décrire le processus de fixation choisi; acétone/méthanol, formaldéhyde, sucrose, autre. La Biobanque BTRE permet de noter cette information et d’assurer une uniformité dans la nomenclature des fixatifs utilisés.
Culots et pièces
Les culots et les pièces sont aussi soumis à différents processus de fixation (acétone, formol, azote liquide ou autre) en fonction de leur utilisation future. Ils sont également conservés dans différents enrobages (OCT, paraffine ou autre) via différentes techniques d’enrobage. Une évaluation macroscopique des pièces est également nécessaire pour la caractérisation de ces échantillons. Encore une fois, la Biobanque archive toutes ces informations permettant ainsi aux utilisateurs de choisir les échantillons correspondant à leur besoin.
Données physiologiques
L’application web qui supporte la Biobanque permet d’archiver plusieurs données physiologiques se rapportant aux prélèvements. Plus spécifiquement, les informations conservées dans la Biobanque concernent le sujet équin, la régie, la médication, la prophylaxie et les tests diagnostics. Toutes ces informations permettent de bien caractériser le sujet au moment de la prise d’échantillons, ce qui facilite l’utilisation future des échantillons.
Les sections « sujet » et « régie » contiennent les informations permettant de décrire l’animal, d’identifier sa provenance et de répertorier l’alimentation et la litière utilisée lors de la prise d’échantillons.
Les sections « médication » et « prophylaxie » permettent d’archiver les médicaments administrés à l’animal jusqu’à six mois avant la prise d’échantillons ainsi que l’historique de leur vaccination et vermifugation. La section « médication » regroupe les médicaments selon leur mécanisme d’action; corticostéroïde, anticholinergique, ß2-agoniste, anti-inflammatoire non stéroïdien, antibiotiques et autres. Ce mode de classification permet de faire des recherches par groupe médicamenteux et par nom générique de médicament.
La section « test » inclut les résultats de sept catégories de tests : l’examen clinique, la fonction respiratoire, l’endoscopie, les lavages, les tests sanguins, l’évaluation de la performance et les autres tests. La section sur la fonction respiratoire contient des informations particulièrement importantes pour bien caractériser l’animal lors du prélèvement. Elle permet d’archiver les informations obtenues à partir de différentes méthodes de caractérisation de la fonction pulmonaire; la fonction respiratoire de base, postprovocation, postbronchodilatation. La caractérisation macroscopique des voies respiratoires supérieures et inférieures est archivée dans la section endoscopie. Les résultats d’analyses de lavages bronchoalvéolaire ou trachéal se retrouvent dans la section des lavages. La section des autres tests permet de conserver des informations sur les radiographies thoraciques.
Toutes ces informations permettent de bien caractériser le sujet au moment de la prise d’échantillons, ce qui facilite l’utilisation future des échantillons.
